Костел у Зіньківцях існував у Зіньківцях з XVII століття, проте також був знищений татарами. Його відбудував у 1718-1721 роках єп. Стефан Рупневський. У 1721 р. храм було освячено. На початку XX століття святиню розширили. У 1925 році радянська влада закрила костел, а в його приміщеннях було розташовано хату-читальню та єврейський пункт по ліквідації неграмотності, який діяв до 1933 року. Після II Світової Війни у храмі облаштували бібліотеку та сільський клуб. Лише 1991 року святиню було повернуто вірним. Її реставрація спочатку відбулась під опікою о. Романа Тварога TChr, а пізніше здійснювалась о. Алоїзієм Кособуцьким OSPPE.